在合肥代办营业执照时，个体户与公司在注册资金、经营项目、账簿管理、纳税方式、发票种类及办理流程上存在显著差异，具体如下：

一、注册资金差异

个体户：注册资金门槛低，通常只需数千元即可满足要求。

公司：注册资金因经营范围而异，少则10万元人民币起步，多则可能达到几十万乃至更多。

二、经营项目与范围

个体户：经营项目相对有限，主要集中于特定领域或服务。

公司：经营范围广泛，可涉及多个行业或领域，具有更强的市场适应性。

三、账簿管理与财务要求

个体户：从业人员数量较少，不强制要求设立账簿进行记录。但需注意，若个体户规模扩大或业务复杂度增加，建议主动建立账簿以规范财务管理。

公司：必须按照法律规定设立并真实记录账簿，包括进货、销售、费用等各项财务数据，以符合税务和审计要求。

四、纳税方式与税负

个体户：纳税方式多为定额调整，即根据经营规模、行业特点等因素确定一个固定的纳税额度。超出额定税收额度的部分以及额外开具发票的金额将另行征收税费。

公司：则需根据实际运营情况，通过账簿、发票、报告等文件资料详细计算应缴税费，包括增值税、企业所得税等。

五、发票种类与使用

个体户：通常只能开具商业零售或者商业其他类别的发票，适用于一般商业交易。

公司：因业务需求多样，不仅能够开具商业普通发票和工业批发发票，还有资格申请增值税专用发票，以满足更大范围的商业活动需求。

六、办理流程与材料

个体户：

流程：选择经营名称并核名→准备身份证明、住所证明等材料→提交申请至当地工商行政管理局→审核通过后领取营业执照。

材料：主要包括申请人身份证、经营场所租赁合同或房产证、经营范围说明等。

公司：

流程：公司名称核准→提交公司注册资料(包括商用地址租房合同、股东信息、公司章程等)→等待市场监督管理局审核→审核通过后领取营业执照→刻制公司印章→开设公司银行对公账户。

材料：除基本身份证明外，还需提供股东会决议、注册资本出资证明、办公场所证明等复杂材料。