在合肥变更公司股东时，需要缴纳的费用主要包括印花税、个人所得税(针对自然人股东)以及可能的企业所得税(针对企业股东)，此外还可能产生一定的工本费。以下是对这些费用的详细分析：

印花税：

根据相关规定，股东变更过程中涉及到股权转让等交易行为，需要按照国家规定缴纳印花税。

印花税税率为股权转让协议所载金额的万分之五，由股权转让的双方缴纳。

个人所得税：

如果股东是自然人，那么在股权转让中，转让方需要按照“财产转让所得”计征个人所得税。

具体计算方法为：以转让股权的收入额减除股权原值和合理费用后的余额，适用20%的比例税率缴纳个人所得税。

如果转让方以原价转让股权，则无需缴纳个人所得税。

企业所得税：

如果股东是法人，那么在股权转让中，会涉及到企业所得税。

应纳税所得额等于股权转让收入减去股权计税成本后的余额。

企业所得税的税率一般为25%，但符合条件的小型微利企业可以减按20%的税率征收，而国家需要重点扶持的高新技术企业则可以减按15%的税率征收。

工本费：

股权变更过程中可能会产生一定的工本费用，如登记变更费等，一般在80到100元左右，具体费用需咨询市场监督管理部门。

需要注意的是，在进行股东变更时，纳税人应自工商行政管理机关变更登记之日起30日内，持有关证件向税务机关申报办理变更税务登记。如未按照规定期限办理纳税申报和报送纳税资料的，税务机关将依法予以处罚。

综上所述，合肥变更公司股东需要缴纳的费用包括印花税、个人所得税(针对自然人股东)、企业所得税(针对企业股东)以及可能的工本费。具体税额和费用需根据实际情况和当地政策进行计算。在进行股权变更时，建议咨询专业律师和税务人员，以确保合法合规并优化税务处理。